Teknik direktörlük kariyerine 2001 yılında İstanbulspor'da başlayan Kocaman, 3 sezon süren macerasının ardından sırasıyla Malatyaspor, Konyaspor ve Ankaraspor'u çalıştırdı. 1 Temmuz 2009'da Fenerbahçe'nin sportif direktörü olarak göreve getirilen Aykut Kocaman, dönemin teknik direktörü Daum'un ayrılığıyla sarı-lacivertlilerde ilk kez teknik direktörlük koltuğuna oturdu. 2010'dan 2013 yazına kadar Fenerbahçe'de teknik direktörlük görevini sürdüren Kocaman, bu süreçte 1 Süper Lig ve 2 Türkiye Kupası şampiyonluğunun yanı sıra UEFA Avrupa Ligi'nde yarı finale yükselme başarısı göstermişti. Fenerbahçe'den ayrılığının ardından 28 Ekim 2014'te Konyaspor'un başına geçen Kocaman, 30 Haziran 2017'ye kadar süren görevinde 1 Türkiye Kupası kazandı. Konyaspor sonrası yeniden Fenerbahçe'ye imza atan ve 1 sezon kalan Aykut Kocaman, şampiyonluk yarışına girmesine rağmen başarılı olamadı ve 9 Temmuz 2018'de görevinden ayrıldı. 19 Kasım 2018'de yeniden Konyaspor'a imza atan deneyimli isim, 1 buçuk yıl süren macerasıonı 10 Şubat 2020'de noktaladı. Kocaman son olarak 1 Şubat 2021'de Başakşehir'in teknik direktörlük görevine getirildi ve 29 maçta takımın başında yer aldı. Aykut Kocaman, 4 Ekim 2021'den bu yana 5 yıldır herhangi bir takım çalıştırmadı.